在地球这个多种生物共存的绿色行星上，由于大规模战争与环境破坏而导致冰河时期的到来，而人类则只能转往地下进行生活。在长期的冰河时期结束之后，人类开始在地下研究的让地球重新变成绿色行星的计划。同一时期，一颗谜之彗星来到地球，人类也开始重新回到之前的地上家园。
数百年后，在机器人学界驰名天下的天才少年杰森·弗莱多尼克发现了一种前所未见的生物。他为这种生物命名为“弗雷多”，并开始了调查。追随着它的足迹，杰森来到了地下，并发现了一辆战车，战车名为“索菲娅 3”。他在好奇心的驱使下打开了战车的驾驶舱，并为了找回弗雷多而开始了冒险。
《超惑星战记零》是INTI CREATES获得SUNSOFT授权制作的经典射击游戏的最新续作。Sunsoft在FC时代制作了不少脍炙人口的作品，其中最优秀的当数《超惑星战记》。在当时这款游戏的流行程度丝毫不逊于任天堂的自社大作。游戏融合了俯视点RPG那样的迷宫探索要素和横卷轴动作游戏的良好操作感。
机器人工业方面的天才少年。沉着冷静，对未见过的事物抱有非常强的好奇心，但也因此经常卷入危险的局面。为了捕捉并调查被他命名为弗雷多的珍稀生物而来到了地下洞窟并发现了战车“索菲娅3”，最后开始了自己的冒险。
杰森在地下遇到的少女。除了自己的名字之外她丧失了大部分记忆，并不知为何能对索菲娅3进行整备。性格开朗明快，并对杰森抱有强烈的信赖感，与他一起搭乘索菲娅3开始冒险。
某天被杰森发现的谜之生物。这种生物在文献与资料中从未记载过，可能是冰河期之前存在的生物。杰森觉得对于重新让生态回归之前而对这种生物开始进行研究。但之后它逃到了地下世界，杰森也因此进入其中。
杰森在地下发现的万能战车。它与地球现存的车辆相比具有超高度的技术，制作的目的与素材以及驱使它的能量来源全部不明。虽然平时处于自动行驶状态，无法从内部进行操纵，但只要穿上驾驶服即可取得操纵权限。虽然搭载有多种武器，但大部分已经无法使用。正式名称为“SOPHIAIII NORA MA-01”。
