远古时代，玛基维尔大陆魔物横行，人们饱受蹂躏，却对此束手无策。英雄古拉德率领勇者们，手持“圣石”与魔物展开战斗，并最终消灭魔王，将其灵魂封印在“圣石”中，赢得了和平。人们将自古传承的“圣石”作为守护石，形成了众多国家。
在火焰之纹章圣魔之光石游戏中，自古代的魔物被消灭以来，和平持续了800多年。不知不觉间，无论魔物的存在还是古代的大战都渐渐被人们遗忘，大陆安稳祥和地发展着。
但是，大陆历803年，大陆全境被突如其来的异变所笼罩。
在拥有圣石的国家中，版图最大、国力最强的古拉德帝国在皇帝彼加尔德的命令下，突然对鲁内斯王国发动了进攻。由于常年作为同盟国，鲁内斯王国在突袭中陷入被动，虽然进行了反击，但关键的要塞还是接连陷落。此前恰好离开王都的伊弗列姆王子也在战乱中失去了消息。
乘胜追击的古拉德军已兵临城下，鲁内斯王国陷落的时刻最终到来。落城之际，国王法德自己在王城中作最后的抵抗，命令王女艾瑞珂离开前往弗雷利亚王国。艾瑞珂在骑士塞思等几名随从的陪伴下，踏上了逃亡之路……
在火焰之纹章圣魔之光石的游戏中，有艾瑞珂和伊弗列姆两位主人公登场，玩家可以从这两个角色的视角体验游戏。而随着游戏的进行，玩家需要选择进入哪一位主人公的分支路线。根据所选择的主人公，玩家将会享受到完全不同的故事展开和地图攻略。
当伙伴们满足一定条件之后，就可以转职成为上位兵种。在圣魔之光石中，除少部分兵种之外，转职后都有两种兵种可供选择。通过这个系统，玩家可以在享受游戏的过程中组成有着自己特色的部队。
除了沿着故事展开的通常地图，作品中还追加了如“威鲁尼之塔”等全新的EX地图。和通常地图不同，EX地图不管挑战多少次次都可以。反复与敌人战斗，让喜爱的伙伴获得充分的成长。
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